История гирудина тесно связана с развитием научных представлений о механизмах свёртывания крови. В 1884 году британский физиолог Джон Берри Хейкрафт впервые экспериментально доказал, что экстракт медицинской пиявки обладает выраженным антикоагулянтным действием. Это наблюдение стало отправной точкой для дальнейших исследований.
В 1904 году немецкий исследователь Фриц Якоби выделил активное вещество из секрета пиявки и ввёл для него название «гирудин». Однако на этом этапе речь шла ещё не о чистом соединении, а о частично очищенных экстрактах.
Качественный скачок произошёл в середине XX века. В 1957 году Фриц Марквардт получил гирудин в кристаллической форме, что позволило изучать его как отдельное вещество. В 1976 году была установлена аминокислотная последовательность молекулы, а в 1980-е годы стали доступны рекомбинантные формы гирудина, полученные методами биотехнологии.
Расшифровка структуры комплекса «гирудин–тромбин» окончательно объяснила механизм его действия на молекулярном уровне. С этого момента гирудин стал не только объектом биохимии, но и важной моделью для фармакологии, демонстрирующей принцип прямого ингибирования ферментов.